ナギと初めて出会った水晶の山に瀬戸さんと一緒に行く話をする瑠璃。そこに瑠璃の友人・葵も混じって一緒に行くことに。一見ヤンキー風の葵が石に興味があるのか瀬戸さんは不安になるが…廃部になった地学部の活動記録にあった水晶の木を3人だけで探索も！ナギ達の力を借りずに独力で探し出せるか！？